chuka_lis | Entries tagged with генетика

Single-Point Mutations in the N Gene of SARS-CoV-2 Adversely Impact Detection by a Commercial Dual Target Diagnostic Assay

Endemic SARS-CoV-2 Polymorphisms Can Cause a Higher Diagnostic Target Failure Rate than Estimated by Aggregate Global Sequencing Data

В Канаде отмечен случай, когда коронавирус САРС2 перескочил, скорее всего, от оленей (которые, считается, заражаются от людей и потом легко передают друг другу) - обратно к людям. Этот вариант коронавируса новой линии содержит 76 мутаций, из которых 37, считается, относятся к тем, что помогли вирусу адаптироваться у животных. 23 из этих "животных" мутаций к оленям не относятся, так что может быть, вирус "подгулял" где-то еще.
Но авторы отмечают, что не похоже, чтобы этот вариант вируса был с усточивостью к иммунитету, выработанному прививкой. Что хорошо.
( Read more... )

Заболевание ковидом приводит к тому, что в иммунных клетках (и короткоживущих, и их предшественниках, и в долгоживущих клетках врожденного иммунитета) формируются и закрепляются эпигенетические изменения, которые изменяют их функциональность и активность.
Надолго.
Это, конечно, может случаться не только при ковиде, но при любом серьезном заболевании (а то и при иммунизации, например, БЦЖ), но в работе ученых из Нью Йорка исследованы подобные изменения, остающиеся после ковида.
В итоге, после острой болезни выходит, что человек как бы выздоровел, но иногда остался "нездоров" (постковид).
И возбудитель, и воспалительная реакция при ковиде в организме приводят к тому, что множественные линии иммунных клеток приобретают "про-воспалительный" профиль, и на ничтожные раздражители начинают реагировать "неадекватно".
Для тех кто переболел нетяжело, это может быть повышенная антивирусная активность- что может быть преимуществом для сезонных ОРЗшек. Для тех кого зацепило посерьезнее, и особенно для тех кто нуждался в госпитализации-реанимации, это более "воспалительный" перекос в работе иммунитета, и он может быть ответственнен за долгий ковид.
Подробности в работе.
( Read more... )

Работа от англичан, по эволюционной генетике, которая показывает что коронавирусу с нами хорошо, он прекрасно размножается, очень выгодно мутирует, приобретая все лучшие способности, и пока что каждая новая коронавирусная волна (от победителей эволюционного отбора, альфы, дельты итп) из-за приобретенных вирусом преимуществ (ну и не без того, что надежный иммунитет, предотвращающий заражение- не вырабатывается) охватывает нашу популяцию быстрее и шире.
Конечно данные по Великобритании- в Китае, где пресекают жестко, наверное, местная эволюция не такая быстрая, разнообразная и успешная. Но вов сем мире- дело происходит примерно как в ВБ, потому борьба за существование предстоит долгая и с переменным успехом.
( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/645972.html

Полезная статья в НЙ Таймс.
Очень многие тесты крови беременных на потенциальные генетические дефекты плода из-за микроделеций хромосом (преимущественно, редкие явления)- обладают очень высоким показателем ложной позитивности (более 80%). При том, что оценивают вероятность дефекта как "высокую", если она выше 1%. Зачастую пациенты не осведомлены о том, что положительный результат в 8 случаях из 10 в таком тесте- ни о чем.
Интересно, как у них с ложноотрицательными результатами..
На мой взгляд, когда такая высокая ложнопозитивность -очевидн,о не хватает регуляторной функции Минздрава в этом сегменте (чтоб на рынке были более высокоспецифичные тесты).
Но нужно учитывать и немного шаткие основания- со многими единичными микроделециями есть "ассоциации", и результат (дефект развития и тд) может быть связан не только с той микроделецией, которую определяют, как показательную, или она может не играть решающего значения в комплексе.
С генами и производными их работы- совсем не все однозначно. Слишком сложный механизм.
( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/642900.html

Авторы работы выдвигают гипотезу (и хорошо ее аргументируют), что неожиданная и особая повышенная кластерность несинонимичных мутаций у омикрона (нехарактерная ни для какой более линии коронавируса среди людей, включая изоляты от хронических иммунокомпромиссных больных) вызвана и подкреплена положительным эволюционным отбором, и скорее всего, является адаптационной, нужной вирусу для того, чтобы получше приноровиться... к мышам.
К мышам некий предшественник омикрона, вероятно, перепрыгнул какое-то время тому (и слегка приспособился "к новому хозяину", тк изначально САРС2 не особо хорошо заражал мышей, в отличие от норок, допустим), и, проциркулировав определенный период среди них, перескочил обратно, к людям.
С учетом того, что вирус может более-менее заражать много разных видов животных (норки, обезьяны, олени, кошки -из хорошо известных), связываясь с АСЕ2 их клеток, и т. к. эпидемия все еще продолжается среди людей тоже, с регулярными мутациями вируса САРС2, некоторые из которых могут облегчать заражение и других видов животных, соседствующих с человеком - то вообще, сейчас вполне созданы условия, чтоб вирус мог "прыгать" между видами, туда и обратно, с созданием новых штаммов "на стороне" и возвращением в человеческую популяцию.
И эти новые штаммы вполне могут представлять угрозу дальнейших эпидемий.
Джинн выпущен из бутылки.
( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/635091.html

Авторы анализируют распространение дельты в НЙ летом 2021 года, особенности ее мутаций и течения болезни, и приходят к выводу, что после взвешивания факторов, могущих оказывать влияние на заболеваемость (% привитых, время после вакцинации, частота встречаемости штамма, его эволюция, количество пробоев, этс)- что кода дельта стала доминировать, частота заражаемости дельтой среди привитых выросла примерно так же, как и среди непривитых. Это показатель того, что дельта- высокозаразна сама по себе. Однако, непривитые болели тяжелее привитых.
Около 45% пробоев с дельтой были асимптоматичными.
При этом, для ковида с дельтой характерными оказались более молодой возраст, меньшая частота госпитализаций, меньшая смертность, выскоие выделения вируса не зависимо от симптоматичности (и для привитых, и нет).
Отмечена некоторая тенденция положительного эволюционного отбора- для тех штаммов дельты, что пробили защиту, были характерны определенные мутации- в шипике это S112L (3 субъединица) и 2 мутации в F192V в nsp12 (ген РНК зависимой РНК полимеразы). Так же были мутации, указывающие что белки ORF3 и ORF8 тоже могут "отбираться" ( 7 доп. мутаций) у "пробойных" вариантов.

( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/630412.html

Interpretation of misclassified instances in the training set, especially for the models that correctly classified the test set sequences, show several interesting patterns. First, proximal phylogenetic ‘near-neighbors’ of known coronaviruses are also proximal in terms of class probability. For instance, WIV16(27), which shares >96% sequence identity to SARS-CoV-1,has a class probability of 0.78 while the civet SARS examples like HC/GZ/32/03271have class probabilities of 0.89(Supplementary Data). This trend continues with late-SARS isolates such as WHU having a predicted class probability of 0.95. Of course, this relationship would be expected for the training data, but this relationship is maintained in the new SARSCoV-2-related sequences published since the beginning of the pandemic. We used the model to predict the class probabilities of these, as well as other novel coronavirus sequences published throughout2020 and2021.These results are shown in Table 4.Bat coronaviruses with proximity in sequence identity to SARS-CoV-2(28,29), such as RmYN02, RpYN06 and RaTG13, exhibit human pathogen class probabilities that are proximal to the class probability of SARS-CoV-2.
Another interesting pattern observed in the training set was a group of Bat SARS-like and MERS-like viruses that were routinely classified as human pathogens–specifically, members of Jinning mine group of viruses such as Rs4231 and Rs4874, as well as the MERS-likes NL13845 and NL140422 sampled from a cave in Guangdong (30,31). These class designations seem to be supported by serological evidence of positivity to SARS-likes reported in the area surrounding the Jinning cave from which these SARS-like viruses were sampled (30). Finally, human enteric coronavirus 4408 was classified as a non-human pathogen in 35 of the 45 trained models, including those that were 100% accurate on the test set.
The models also appear to describe a human-pathogen class definition that only includes viruses that can readily transmit between adults. There are now a series of coronaviruses that appear to have the capability to cause clinical illness in children, butthe children act as terminal hosts for the virus. This list now includes Canine Alphacoronaviruses observed in Thailand in 2007 (43)and Malaysia in 2018(33), Murine HepatitisVirus detected in SRA datasets from children with febrile illness(44), Porcine Deltacoronaviruses in children in Haiti in 2014 and 2015(45), as well as human enteric coronavirus 4408(32).

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/592968.html

Ну вот, не только мне приходила идея о том, что вирус вышел к людям раньше, чем в Ухани, а осенью-зимой 2019-20 уже ситуация сложилась так, что "тайное стало явным". ( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/591046.html

Во время текущей пандемии тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2), возбудитель ковида, за время персистирования в нашей популяции, уже разделился на несколько штаммов.
По состоянию на сентябрь 2021 года ВОЗ определила четыре варианта, вызывающих озабоченность (VOC):( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/587582.html

На мой взгляд, интересная работа израильтян.
( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/573221.html

Статья о том, что в человеческих клетках геном коронавируса может переводиться в форму ДНК и встраиваться в хозяйскую ДНК, причем во многие места. И не только "на хранение". Но так же и транскрибироваться оттуда обратно в РНК, создавая "химеры" вирусной РНК с человеческими РНК. Авторы считают- что именно это явление ответственно за то, что у ряда людей наблюдается продолжительное (неделями и месяцами) выделение вирусной РНК после выздоровления или даже без болезни. Вирус уних "живет" в латентной форме, встроившись в их ДНК, и выделяя понемногу своей РНК. Хотя обычно на основе таких фрагментов РНК вирусу не удается полноценно "воспроизвестись".
Раньше за такие "вставки", в геном клетки, считалось, были ответственны только ретровирусы (ВИЧ и компания), у которых есть своя обратная транскриптаза. У коронавирусов ее нет, и предполагалось, что им и не нужно (ибо они нарабатываются на уровне РНК) - тем не менее, появились вот такие данные, про интеграцию в ДНК в культуре клеток, и обнаружение "химерных" РНК в тканях переболевших ковидом пациентов..
Если и другие группы найдут или подтвердят нечто похожее- это, на мой взгляд, пролог к открытию, что не только эти вирусы (ретро- и корона-), а вообще многие их семейства- способны на встраивание (при определенных условиях) в геном хозяина- примерно как бактериофаги в геном бактерий. И что горизонтальный перенос генов посредством вирусов между макроорганизмами - гораздо шире, чем представлялось ранее.
( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/528115.html

В том, как организм человека ответит на инфекцию коронавирусом, важную роль играют и генетические особенности.
Есть статья генетиков из Великобритании, выделивших "гены риска":
( Read more... ). ,
а теперь уже и генетики из США, проанализировав особенности генотипов нескольких сотен тяжелых больных ковидом, определили еще несколько вариантов, повышающих вероятность болеть тяжело (и умереть). Выявленные генетические особенности имеют отношение к экспрессии интерферонового рецептора в клетках тканей и иммунной системы, количеству АСЕ2 рецепторов в тканях, работе матричных РНК внутри клетки, особенностях работы факторов транскрипции (перевод информации из ДНК в РНК) а так же те, биологическая роль которых еще не совсем ясна, кроме ассоциаций с уже известными болезнями или отклонениями.
( Read more... )
Но главное то, что индивидуальные особенности организма со счетов сбрасывать нельзя, играет роль не только "возраст" и "сопутсвующая хроника", заболевшего, и что по генным маркерам можно искать и определять "группы риска".
А то и таргетно лечить.
Правда, я думаю, что в текущих условиях, пока и скрининг с мониторингом толком не налажены, до того, чтобы делать анализы на поиск рисковых генетических вариантов -да еще вовремя, чтоб успеть начать компенсирующее лечение- очень далеко.

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/465110.html

Гены у всех слегка отличаются. Как оказалось, у тех, кто болеет ковидом тяжело- есть некоторые общие генетические особенности, которые делают клетки их иммунной системы более уязвимыми к воздействию коронавируса.
Среди найденных отличий авторы исследования придают значение генам, усиливающих продукцию хемокиновых и цитокиновых рецепторов на поверхности ядерных клеток крови- моноцитов и Т-лимфоцитов разных типов.
Не менее важно и то, что у многих из группы тяжелых ковидных был генотип, при котором может вырабатываться мало интерферона и больше интерлейкина 10, а Т и В лимфоциты могут быть с легка "вялыми" из-за особенностей генома.
COVID-19 genetic risk variants are associated with expression of multiple genes in diverse immune cell types.

( Read more... )

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/456033.html

Есть такое мнение:
Оur pairwise homoplasy index tests suggest that, among continental datasets, European and North American sequences have shown evidence for the presence of recombination events (P-value = 0.001 and 2470.007 respectively); while African, Oceanic, South American, and Asian datasets have shown no recombination events till now. This again shows that the European and North American continents are at higher risk of having super evolved viruses that can co-infect their hosts

Оur preliminary structural analysis of the European strain main mutations, D614G located in the spike gene and P314L located in the RdRp gene, showed that the first mutation will render the FURIN cleavage site more accessible while the latter would increase protein stability. 73% of the European samples have both mutations segregating together; while in Africa only 11% of the sequenced viral samples have them. This is probably the reason behind the elevated mortality rates in Europe. This points out to the fact that the virus has evolved at an alarming rate by introducing two mutations that increase its chances of survival. The European strain harbors additional mutations, notably the hotspot mutations R203K and G204R that cluster in a serine-rich linker region at the RdRp. It was suggested that these mutations might potentially enhance RNA binding and replication and may alter the response to serine phosphorylation events [35], which might further exacerbates SARS-CoV-2 virulence.

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/447760.html

Здесь хорошая, на мой взгляд, популярная статья о молекулярной и структурной биологии коронавируса САРС2
У вируса "все схвачено"- пиратский корбаль и пятая колонна в одном лице.

Crossposts: https://chuka-lis.livejournal.com/359841.html

Прочла в журнале у замечательного блогера, врача психиатра, что в Москве открылись возможности ранней диагностики опухолей груди или простаты посредством скрининга генетических маркеров мутаций, считающихся наследственными, которыми могут сопровождаться подобные опухоли.
Таким образом, якобы, можно обнаружить рак очень заранее. Еще до того, как он станет заметен любыми другими способами. Фактически, еще до того, как он появился.
"Принцип программы, которая уже начала работать, простой, но масштабный — скорее всего, на текущий момент он окажется крупнейшим в мире. Есть три вида онкологии, которая чаще всего встречается среди населения и которая даёт в итоге чуть ли не наибольший процент смертей от рака. Это рак молочной железы и рак яичника у женщин, а также рак предстательной железы у мужчин. И есть возможность, взяв кровь на анализ, обнаружить там генные маркеры этих болезней. С точностью порядка 92%, причём даже на стадии, когда рак ещё и близко не развился..
Что если онкологию таки найдут? Лечение для москвичей, даже самое дорогостоящее и с применением самых современных методов, включая тот же гамма-нож, будет абсолютно бесплатным."
Беспплатный сыр обычно в мышеловке, лечение и иагностика онкологии обычно влетают в копеечку, но, если на первых порах такая программа осуществляет это бесплатно, даже если преследует свои другие цели, то - доброе дело.

Вот мня неизменно умиляет готовность по разным генетическим маркерам определять наличие болезней и патологий. ( Read more... )